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OPLSAA力场参数之快速建模—MS+Moltemplate

发布时间:2022/11/18 11:14:53

文章目录

  • 一、MS中画出分子结构
  • 二、根据OPLSAA力场文件设置原子力场
    • 1. OPLSAA力场
    • 2. 根据OPLSAA力场中的原子质量进行检查
    • 3. 在MS中设置为对应的原子编号
  • 三、转换为Lammps可以读取的Data文件
  • 四、采用Moltemplate自带工具生成Lt文件
    • 1. 生成LT文件
    • 2. LT文件结构
  • 五、引入OPLSAA力场并运行Moltemplate
    • 1. 运行Moltemplate
    • 2. 生成对应的力场文件

一、MS中画出分子结构

在MS中画出自己需要的分子结构。当然也可以从其他渠道获得PDB文件,读取到MS中。

在这里插入图片描述

二、根据OPLSAA力场文件设置原子力场

1. OPLSAA力场

我们可以看到OPLSAA力场文件中,每一种原子对应以数字为编号的TYPE。我们根据自己的原子结构找到对应的TYPE编号。

OPLSAA文件下载
链接:请点击
提取码:1x9o

在这里插入图片描述

2. 根据OPLSAA力场中的原子质量进行检查

在这里插入图片描述

3. 在MS中设置为对应的原子编号

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三、转换为Lammps可以读取的Data文件

这里采用Lammps目录下的小程序: . / l a m m p s / t o o l s / m s i 2 l m p . e x e \rm ./lammps/tools/msi2lmp.exe ./lammps/tools/msi2lmp.exe

根据手册执行命令,这里不再赘述 (注意,测试的data文件为 t e s t . d a t a \rm test.data test.data
在这里插入图片描述

四、采用Moltemplate自带工具生成Lt文件

1. 生成LT文件

Moltemplate官网链接

手册中 P 64 P64 P64 页给出了详细介绍
在这里插入图片描述
所以这里我们直接运行就行:(再次注意这里的只需要我们刚才生成的 t e s t . d a t a \rm test.data test.data 文件)
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

2. LT文件结构

运行后生成 对应的 L T \rm LT LT 文件: M o l . l t \rm Mol.lt Mol.lt
在这里插入图片描述
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五、引入OPLSAA力场并运行Moltemplate

1. 运行Moltemplate

在这里插入图片描述

Moltemplate.sh system.lt

2. 生成对应的力场文件

在这里插入图片描述
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